Роден е в Уелва, западна Андалусия.
През 1931 г. се установява в Мадрид. Следва промишлено инженерство, което прекъсва, за да се посвети на живописта. Учи в Академията за изящни изкуства Сан Фернандо и в ателието на художника Васкес Диас. През 1932 г. среща Федерико Гарсия Лорка, с когото стават близки приятели; включва се към университетския театър „Ла Барака" (исп. - барака, къщурка), основан и режисиран от Лорка, където реализира първите си сценографски проекти. Година по-късно установява близки отношения с поетите Рафаел Алберти и Мигел Ернандес, със скулптора Алберто; с режисьора Луис Бунюел, а на следващата година започва дългото му приятелство с Пабло Неруда. Началото на Гражданската война в Испания през 1936г. прекъсва за дълги години творчеството му.
След 1940 година се посвещава на театъра, киното и балета -осъществява сценографията на множество постановки по цял свят. Пътува много. Илюстрира книги с поезия и медицински издания. Прави стенописи. От 1956 г. по политически причини не участва в общи изложби в Испания.
През 1957г. се среща в Кан с Пикасо и Миро. През 1960г. е художник-постановчик на „Йерма" на фестивала „Двата свята" в Сполето.
Открива самостоятелна изложба в Лозана, Швейцария. В периода 1963 -1970 изпълнява витражи в църквата в Севиля и множество стенописи из цяла Испания. През 1971 г. подготвя за библиофилското издание на поемата „Осеана" на Пабло Неруда 15 литографии. Няколко листа от тази серия се съхраняват в Националната галерия за чуждестранно изкуство, София.
От 1972 до 1978 осъществява множество изложби в Португалия, Италия, Испания.
През 1979 година идва за пръв път в България, за да участва в третото Международно триенале на живописта, София и за откриването на своята Антологична изложба в Националната художествена галерия, София. Оттогава Хосе Кабайеро активно участва в културния живот на България. През 1982г. заедно с Рафаел Алберти участва в основаването на Фондация „Людмила Живкова". Хосе Кабайеро е един от големите дарители на Националната галерия за чуждестранно изкуство, София.
През следващите години продължава да прави изложби по света, проектира нови сценографски решения, илюстрира различни издания и не прекъсва пътуванията си до България. Една година преди смъртта си (1990) художникът представя в Националната галерия за чуждестранно изкуство изложба от графични произведения за библиофилски издания на поеми от Пабло Неруда, Хосе Бергамин и Рафаел Алберти.