Днес музеят бавно се възстановява и се опитва да събере разграбените си съкровища. Близо 850 откраднати артефакти бяха върнати на музея по-рано този месец. Те са били или откраднати от музея или са от иманярски находки, случили се благодарение на десетилетия безнадзорност. Британският музей е каталогизирал и помогнал при връщането на тези произведения, съвместно с британските власти, които са заловили много от тях при контрабанден внос в страната. 

Това е второто подобно връщане на артефакти от Великобритания, след като през 2009г. около 1,500 исторически произведения бяха предадени на музея, към който принадлежат. Целта е да се възстанови музея и да се представи в предишния си блясък и репутация – на един от най-великолепните в региона, представящ произведения от Бронзовата ера до примери на съвременното ислямско изкуство.

Сред върнатите съкровища са бронзова брадвичка на близо 3,000 години, произведения от слонова кост и статуя на Буда в реален размер, която е близо на 1,700 години. Тя е взета от музея по време на гражданската война и последвалата съветска окупация, като изненадващо се озовава в частна колекция в Япония. Анонимна личност е уредила връщането й в Кабул чрез Британския музей.  Статуята е пример за загубеното будистко историческо наследство на Афганистан, преди появата на исляма.

Това историческо наследство обаче, не е достатъчно оценено от местните жители. През 2001г. талибани взривиха двойни  гигантски изображения на Буда, изрязани в скалите край Бамянската провинция. По същото време те вилняха из Националния музей, счупвайки на парченца всяко произведение, изобразяващо човешки образ. Сметнати за идолопоклоннически атрибути, талибаните унищожиха завинаги над 2,500 статуи.

Музейните работници също са допринесли за запазването на някои от най-ценните съкровища. През 1989г. музейните уредници взимат някои от най-ценните и великолепни експонати, сред които е и „Бакрийското злато”. Това е уникална златна колекция, съдържаща десетки хиляди златни и сребърни монети, корони и бижута на повече от 2,000 години. Те ги скриват в тайни помещения в центъра на Кабул – едно от което е  тайно подземие под Централната банка.

Благодарение на този акт, след 1989г., когато музеят е подложен на непрестанно плячкосване, те не са разграбени. Остават скрити до 2003 г., когато „Бактрийското злато”, заедно с някои други ценни експонати обикалят света с гостуваща изложба и биват   показани в Ню Йорк, Париж и Лондон . Сега се намират в Норвегия и предстои да бъдат изложени в Австралия.

През последните 20 години музеят е изгубил 70% от своите артефакти. В сътрудничество с други музеи, както и благодарение на помощта на ЮНЕСКО музейните власти се опитват да го върнат в предишния му вид. От 2011г. насам музеят успява да си върне над 16,000 произведения, 9,000 от които са върнати от държави извън Афганистан.